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原位雜交是指將特定標記的已知順序核酸為探針與細胞或組織切片中核酸進行雜交，從而對特定核酸順序進行精1確定量定位的過程。原位雜交可以在細胞標本或組織標本上進行。
原位雜交的特點是雜交在顯微鏡載玻片上中期染色體標本上進行。所謂原位即指標本上DNA原位變性，在利用放1射性或非放1射性標記的已知核酸探針雜交后，通過放1射自顯影或非放1射性檢測體系來檢測染色體上特異DNA或RNA順序，可用放1射性顆粒在某條染色體的區(qū)帶出現(xiàn)的頻率或熒光的強弱來確定探針的位置，從而進行準確的基因定位。
原位雜交（in situ hybridization）將標記的核酸探針與細胞或組織中的核酸進行雜交，稱為原位雜交。使用DNA或者RNA探針來檢測與其互補的另一條鏈在細菌或其他真核細胞中的位置。RNA原位核酸雜交又稱RNA原位雜交組織化學或RNA原位雜交。該技術(shù)是指運用cRNA或寡核苷酸等探針檢測細胞和組織內(nèi)RNA表達的一種原位雜交技術(shù)。其基本原理是：在細胞或組織結(jié)構(gòu)保持不變的條件下，用標記的已知的RNA核苷酸片段，按核酸雜交中堿基配對原則，與待測細胞或組織中相應的基因片段相結(jié)合（雜交），所形成的雜交體 (Hybrids）經(jīng)顯色反應后在光學顯微鏡或電子顯微鏡下觀察其細胞內(nèi)相應的mRNA、rRNA和tRNA分子。RNA原位雜交技術(shù) 經(jīng)不斷改進，其應用的領(lǐng)域已遠超出DNA原位雜交技術(shù)。尤其在基因分析和診斷方面能作定性、定位和定量分析，已 成為有效的分子病理學技術(shù)，同時在分析低豐度和罕見的mRNA表達方面已展示了分子生物學的一重要方向。
水稻種子是人類重要的食物來源，其發(fā)育涉及一個復雜的調(diào)控網(wǎng)絡，其中轉(zhuǎn)錄因子發(fā)揮了關(guān)鍵作用。MADS轉(zhuǎn)錄因子家族成員是植物花器1官發(fā)育的重要調(diào)控因子，已有的研究表明，幾乎所有的水稻MADS基因都在種子中表達，但對MADS家族成員參與水稻種子發(fā)育調(diào)控的研究結(jié)果仍比較少。
在這項研究中，研究組基于前期的表達譜研究基礎，分析得到了一個在水稻生殖發(fā)育階段優(yōu)先表達的轉(zhuǎn)錄因子MADS29。細致分析表明，MADS29在花藥、胚珠和種子中均表達，RNA原位雜交技術(shù)服務，且在受精后的母體組織表達量高。MADS29的反義轉(zhuǎn)1基因植株呈現(xiàn)種子皺縮、淀粉粒形態(tài)異常、灌漿速率下降等表型。通過解剖學切片、末端轉(zhuǎn)移酶標記實驗和全基因組表達譜芯片分析等，研究人員證明了MADS29通過調(diào)控程序化死1亡(PCD)過程促進珠心細胞和珠心突起處的降解。進一步的體外凝膠阻滯實驗顯示，MADS29能夠通過直接結(jié)合程序化死1亡相關(guān)基因的啟動子區(qū)域而調(diào)控其表達，進而影響胚乳發(fā)育。
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